Ou placer mes fichiers ?

Si mon login est du type AB123

Il faut placer vos fichier dans le répertoire /home/AB123/<id_site/www.
www peut etre remplacé par un autre sous-domaine si vous avez cette option.

Sinon

Il faut placer vos fichier dans le répertoire /home/<id_site/www.
www peut etre remplacé par un autre sous-domaine si vous avez cette option.

Comment creer des sous-domaines ?

Il suffit de creer un nouveau repertoire, par FTP, a la racine de votre compte.
Ainsi, www.domaine.com ou domaine.com pointera vers le repertoire www/, et si vous creer un repertoire toto/, un sous domaine appele toto.domaine.com sera cree automatiquement, et instantanement.

Comment proteger certaines parties de mon site Web ?

Vous pouvez faire cela avec les fichiers .htaccess.
Pour rappel, voici un exemple de ce fichier :

AuthUserFile /home/toto/www/.htpasswd
AuthGroupFile /dev/null
AuthName "Acces Restreint"
AuthType Basic
<Limit GET POST>
require valid-user
</Limit>

Les mots de passe du fichier .htpasswd doivent etre cryptés.
(Un formulaire pour vous y aider est disponible sur votre page à Accès Restreint )